XVI—XVII века
После победы Русского царства над Астраханским ханством в 1556 году территория, в настоящее время занимаемая районом, вошла в состав России. После этого на Тереке начинает складываться общность терских казаков. В 1874 году старшинство Терского казачьего войска было установлено с 1577 года, будучи приурочено к основанию терским воеводой Л. З. Новосильцевым города Терки на Тереке, близ устья Сунжи, «где под начальством его находились терские казаки». При этом в районе устья Сунжи это был уже второй русский город — впервые в этих местах укреплённый городок был поставлен в 1567 году. Таким образом, первоначально русские военные отряды и поселенцы проникали на нижнее течение Терека. Появление казачьих поселений на берегах Терека в пределах современного Наурского района следует относить, по-видимому, уже к XVII веку. Например, упоминания урочищ Наур и Мекень, как и собственно казачьего городка Науры в одноимённом урочище, встречаются с 1642—1644 годов.
XVIII век
Новая волна интенсивного заселения казаками левого берега Терека в границах нынешнего Наурского района начинается после основания в 1763 году Моздока и создания сплошной цепи казачьих станиц между Моздоком и Кизляром, в рамках масштабного процесса формирования к 1780-м годам единой Кавказской линии. Были образованы станицы Галюгаевская, Ищёрская, Наурская, Мекенская и Калиновская.
В 1772 году в станице Ищёрской побывал будущий предводитель крестьянского восстания Емельян Пугачёв. Результатом его пребывания стало ходатайство казаков станиц Ищёрской, Наурской и Галюгаевской о выделении денежного жалования и провианта, с которым Пугачёв отправился в Москву, но в Моздоке был задержан.
XIX век
В XIX столетии на территории района возникли новые населённые пункты, среди них — станицы Николаевская (в 1848 году) и Савельевская (в 1886 году). При станицах активно образовывались хутора. Прежде всего, при «старых» станицах — Калиновской, Наурской, Ищёрской и Мекенской (Постный — основан в 1780 году, Капустин — в 1823 году, Кречетов — в 1855 году, Корнеев — в 1866 году, Нырков — в 1887 году, Селиванкин — в 1888 году, Батыркин — в 1890 году, Бежанов — в 1891 году, Клинков — в 1892 году, Майорский — в 1900 году, Ситников — уже существовал к 1914 году, и многие другие), в меньшей степени — при «новых», Николаевской и Савельевской (Котланкин — основан в 1898 году, Семиколодцев — по одним данным, возник в 1926 году, по другим, уже существовал к 1914 году, и прочие). По данным на 1 июля 1914 года наурские казаки образовали 16 хуторов, калиновские — 28, а всего на территории современного Наурского района насчитывалось 68 хуторов и 4 экономии (при станице Николаевской). Всего эти хутора и экономии, без учёта собственно станиц, объединяли 775 хозяйств; с учётом дворов в станицах на данной территории насчитывалось 5 143 хозяйства.
